国家发展改革委主任张平22日不受国务院委托向全国人大常委会报告深化医药卫生体制改革工作情况时认为，基本制度实行急剧前进，获得了初步成效，但也遇上一些问题。数据表明，截至目前，全国有数26006个政府办乡镇卫生院和社区卫生服务机构实行了基本药物制度，占到总数的51%。安徽、江西、陕西等地首度在全省范围内冲出。
零差率销售后的基本药物价格平均值上升30%左右。张平讲解，基本药物制度实行遇上的问题还包括：部分地方体现基本药物品种偏低，部分基本药物国家指导价偏高，基本药物招标订购机制不规范，基层医疗卫生机构补偿机制不完善。作为本次医改明确提出的一项新制度，基本药物制度目的确保基层用药的安全性有效地和便利可及，减低群众用药开销。
针对基本药物制度实行过程中经常出现的引人注目问题，有关部门明确提出了明确解决问题方法：一是尽早启动基本药物目录和指导价格动态调整机制，使基本药物品种和指导价格更为合乎基层实际;二是环绕基本药物质量、价格和供应三个核心要素，着力前进量价挂勾的省级集中于订购办法;三是创建规范的多渠道补偿机制，完备适当的绩效考核办法，以投放换机制，大力前进基层医疗卫生机构综合改革。
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